哥斯拉讲述的在自然灾害面前，人类与怪物之间战斗，守护地球的奋战故事。1954年美国使用核武器唤醒了巨兽哥斯拉，为了隐瞒，于是美国决定利用原子弹摧毁哥斯拉，结果不仅没有将哥斯拉消灭，反而让哥斯拉在太平洋地区躲藏了起来。时间来到了1999年，在菲律宾地区发生的地震，本就以为这一次地震是因为地球移动而引起的，但科学家以及团队在对地震诱因进行研究时，却发现了孵化的哥斯拉幼崽痕迹，无独有偶的是，此时在日本的一艘核电站内发生了严重的核泄漏，人类不得不面对的就是严重的核污染和哥斯拉被唤醒的真相。发现了哥斯拉被唤醒之后探险小队身受重任，前往太平洋地区寻找哥斯拉的踪迹，殊不知在受到核污染的哥斯拉突发变异，难以制裁。